گروه رياضي دانشگاه  از بزرگترين و  قوي ترين گروههاي آموزشي دانشگاه است . اين گروه توانست با بهره مندي از اعضاي هيأت علمي و پژوهشگران توانا و کارآمد از دانشکده علوم جدا و به عنوان يک دانشکده مستقل با نام  دانشکده رياضي و کامپيوتر به فعّاليّت آموزشي بپردازد . از ابتداي پيدايش دانشکده رياضي و کامپيوتر ، ايجاد يک مرکز پژوهشي در دانشکده رياضي مطرح بود  تا سرانجام در سال 1366 اين هدف با تشکيل « مرکز پژوهش رياضي خوارزمي تحقق يافت . و کلنگ بناي آن در تاريخ 19/8/68 بوسيله  نخست وزير و  وزير فرهنگ و آموزش عالي وقت به زمين زده شد که اينک اين ساختمان در پرديزه افضلي پور محل استقرار دانشکده رياضي و مرکز پژوهشي ماهاني است .
از آنجايي که در اغلب کشورهاي اسلامي بويژه جمهوري هاي آسياي ميانه دانشکده ها و مراکز پژوهش رياضي چندي به نام رياضيدان بزرگ قرن دوم و سوم هجري محمدبن موسي خوارزمي نامگذاري شده است و از طرفي طبق نظر آقاي دکتر مهدي رجبعلي پور ،  محمدبن عيسي ماهاني  از دانشمندان کرماني يکي از رياضيدانان بزرگ ايران و شاگرد خوارزمي بوده است ، لذا به پيشنهاد ايشان در سال 1369 نام اين مرکز به       « مرکز پژوهش رياضي ماهاني » تغيير نام داد تا از اين رهگذر نام اين رياضيدان بزرگ کرماني جاودانه گردد . اولين رئيس اين مرکز دکتر مهدي رجبعلي پور بود که با همکاري 9 نفر از همکاران خود ( اعضاي هيأت علمي گروه رياضي ) فعّاليّت اين مرکز را آغاز کردند .
کتابخانه تخصّصي اين مرکز با 2000 جلد کتاب به زبانهاي فارسي و لاتين در اختيار پژوهشگران است .
از جمله اهداف مهمّ مرکز  حمايت از اجراي       طرح هاي تحقيقاتي و پايان نامه هاي دوره هاي تحصيلات تکميلي به عنوان يک مرکز پژوهشي وابسته به دانشکده رياضي و کامپيوتر است .